水利水电工程是以防洪、发电、灌溉、供水等为目标的除害兴利的综合性工程，具有显著的社会经济效益和环境效益，但在兴建过程中难免对区域原有的自然环境和生态平衡产生一定的影响，应引起高度重视，牢固树立人与自然和谐的生态工程理念，坚持科学的发展观，严格遵守自然经济规律，采取行政、法律、科技、经济等手段，在开发中保护，在保护中开发，切实加强工程施工期间的环境管理。把生态环境保护融入到工程的规划、设计、施工、运行及管理的全过程，保证工程在取得经济效益和社会效益的同时，减少环境污染和生态破坏，维护河流健康，实现人与自然的和谐共处。
由于种种原因，要废弃大量固体材料，如砂石料、石灰块、水泥块等，这些固体材料有相当一部分散失在施工工地周围，造成土壤污染。还有来自施工现场的土石粉粒、粉煤灰、石灰、水泥等粉状建筑材料中的悬浮物，在施工期间由于地表水的冲刷而流失，一部分沉积在工地周围土壤中，而另一部分进入当地河流中，对土壤和河水都会造成污染。
此外，环保、林业、土地、文物等有关部门要根据各自的职责和有关法规，相互协作，密切配合，加强对施工过程中的毁林占地、水土流失、噪音污染、大气污染、水质污染、景观破坏等情况的监督检查和实时监测，对于出现超标或影响环保的不良行为，及时通知施工单位进行整改，采取补救措施，严重者应追究法律责任，共同维护好工程施工期间的生态环境，使工程充分发挥社会、经济和环境等综合效益。
